「供託」は売主業者が自らの資力で瑕疵担保責任に対応することを前提にしており、資力確保措置として供給戸数に応じた保証金を10年間供託するものです。売主が倒産等で責任を履行することができなくなった場合にのみ、買主は法務局に還付請求の手続を行うことができます。「保険」は売主業者が保険料を支払い、保険契約を締結するもので、売主業者が瑕疵の補修などを行った場合、それに要した費用に対して売主に保険金が支払われます。売主が倒産などにより補修等ができない場合には、買主が直接保険会社に請求して、保険金の支払を受けます。どちらが有利とはいえませんが、保険で対応する販売事業者(売主業者)が多いと思われます。
なお、どちらにするかは売主業者の判断によるもので、買主が選ぶものではありません。